橋本病は、自分の体を守るための仕組みである“免疫”が、甲状腺に反応してしまうことで起こる自己免疫疾患です。本来であれば外部からのウイルスや細菌などに対抗するための免疫システムに何らかの異常が起こり、甲状腺を刺激する「自己抗体」（抗サイログロブリン抗体：TgAb、抗甲状腺ペルオキシダーゼ抗体：TPOAb）ができてしまい、甲状腺に炎症を引き起こします。この状態が長く続くと甲状腺ホルモンが作れなくなってしまい、甲状腺機能低下症に至ることがあります（甲状腺の炎症が慢性的に続くことから、「慢性甲状腺炎」とも呼ばれます）。
この自己抗体が作られてしまう原因は詳しくは分かっておらず、遺伝的なものに加えて、ストレスや過労などの環境要因やヨード摂取過剰（海藻類の摂取・薬剤など）が関わっていると考えられています。また妊娠や出産といった体内環境が大きく変化するタイミングで発症する例もあります。

橋本病は女性に多い病気で、男女比は男性1人に対して女性20人～30人程度と言われています。年齢別にみると20歳台の後半以降から、特に30歳台～40歳台に多く発症します。
橋本病を引き起こす原因となる自己抗体は成人女性の10人に1人といった非常に高い頻度で見つかります。しかし実際に甲状腺ホルモンの分泌量が低下する人はその内の4～5人に1人と言われており、多くの方は特に症状が出てこず、治療の必要もありません。甲状腺ホルモンの分泌が低下し不足状態になると、身体全体が沈静化されたような状態になり、先に挙げた様々な症状が引き起こされます。
また橋本病では時に甲状腺の炎症によって甲状腺細胞が破壊され、その中に蓄えられていた甲状腺ホルモンが一気に血液中に漏れ出てしまうことがあり、これを「破壊性甲状腺炎（甲状腺細胞が破壊されるため）」あるいは「無痛性甲状腺炎（細胞が壊れても痛みがないため）」といいます。一時的ではありますが逆に甲状腺機能亢進状態（甲状腺ホルモンが過剰な状態）となるため、バセドウ病との区別が難しくなる場合があります。

橋本病は“完治する”という類の病気ではなく、基本的には一生のお付き合いとなる病気です。放っておくと状態が悪化して甲状腺機能の異常をきたすこともあるため、定期的に観察・検査を行って異常が見られればすぐに治療を開始することが大切です。